公元405年，仇池国氐王杨盛趁谯纵叛晋之机，发兵占据了无主的汉中。后遭后秦攻击，仇池又以地请降后秦。
公元407年四月，仇池趁后秦西面战事受挫，重新派兵占据汉中。
公元413年，刘裕任命索邈为梁州刺史，杨盛任命的行梁州刺史苻宣撤回仇池，移交汉中。自此，东晋恢复对汉中的管治。
自从东晋建立以来，朝廷纲纪松弛紊乱，权贵之门互相兼并，百姓流离失所。刘裕掌握朝政以后，大力宣传规章制度，施行土断，禁止兼并。会稽郡余姚县的世族虞亮藐视国法，藏匿逃亡人员一千多人，对抗刘裕的改革。
刘裕铁腕诛灭了虞亮，罢免了包庇他的会稽内史司马休之，法办了大批涉事的士族及官员，一时士族豪强肃然，谨慎规矩，远近遵法守纪，再也不敢像以前一样胡作非为。
在这以前，各州所送的秀才、孝廉大多名不符实，刘裕于是上表申明从前的规定，严整法纪，对地方选拔上来的人才专门进行考试，如有不实，一律严查，保证官员的选拔公正，唯才是举。
公元414年，刘裕上表请求减轻徭役，让百姓休养生息。之前，山湖川泽都被豪强士族所夺取，百姓打柴、采摘、打鱼、垂钓，都要强迫交税，刘裕上表下令一律禁绝，免征，还山于民，还地于民。当时人们的居住很不统一，刘裕上表制定了条例，于是都依划分的土地为准，施行土断，只有徐、兖、青三州居住在晋陵的人不在划分的范围。各个流民聚集的郡县，有许多进行了合并。
公元412年刘裕征讨刘毅时，晋宗室司马休之占据荆州。他拥兵自重，由于先前就经营过荆州，颇得当地人心。东晋荆、扬二州，地广兵强，又是建康门户，对中央形成巨大威胁，这不得不让刘裕有吞并荆、扬的雄心。
公元414年，司马休之之子司马文思在建康招集轻侠，令刘裕十分厌恶。后来，司马文思欲谋杀刘裕，被刘裕发觉，刘裕将司马文思交给司马休之，让他处置，实质就是要司马休之将其处死。然而，司马休之并没有杀司马文思，只是上表废除其谯王爵位，并写信向刘裕道歉。这举动令刘裕对其大感不满，立刻就命江州刺史孟怀玉戒备。
公元415年，刘裕收杀司马休之在建康的次子司马文宝及侄儿司马文祖，并出兵讨伐司马休之，自加黄钺，领荆州刺史。
司马休之则上表刘裕罪状，派兵抵抗。当时雍州刺史鲁宗之自感不被刘裕所容，故与司马休之联结，合兵反击刘裕。刘裕亲自统兵出征，进驻江陵，但他的前锋徐逵之初战败于鲁轨，众将除蒯恩外皆战死。刘裕闻讯大怒，即可统兵渡江，鲁轨及司马文思率军在悬岸峭壁上列阵，令他难以登岸。刘裕与部将胡藩率兵冒险攀登，司马文思等竟不能抵挡，刘裕就乘对方后撤的机会登岸进攻，终击溃司马休之的军队。
四月，刘裕击败司马休之军四万人，攻克江陵，加领南蛮校尉。四月，刘裕率军直捣襄阳，荆、扬二州尽被吞并，司马休之及鲁宗之北投后秦。
司马休之势力的败亡，标志着自桓玄作乱以来的南方各大割据势力全部灭亡，南方归为一统。东晋境内，全由刘裕统治。此后，刘裕推辞太傅、扬州牧等官衔，仅接受剑履上殿、入朝不趋、赞拜不名的殊荣。