公元313年，陶侃大破杜弢，被王敦表荐为荆州刺史。但他随即就因竟陵太守杜曾叛乱，大败而回。王敦以“处分失所”为由，请求自贬为广武将军。但司马睿没有同意。
公元315年，陶侃讨平杜弢之乱。王敦作为统军元帅，进拜镇东大将军、开府仪同三司、都督江扬荆湘交广六州诸军事、江州刺史，封汉安侯，可自行选置刺史以下官吏。
不久，陶侃欲回镇荆州，前来向王敦辞行。王敦忌于陶侃的军功，竟趁机将其扣留，调任为广州刺史，以堂弟王廙接掌荆州。他甚至想杀死陶侃，但因忌惮其亲家周访，最终没有动手。
公元317年，司马睿称晋王，建立东晋，并于次年正式称帝，史称晋元帝。王敦此时已升任征南大将军，又进拜大将军，加侍中、江州牧。当时，杜曾仍在荆州一带作乱。王敦遣部将朱轨、赵诱征讨杜曾，但均被杜曾击败。
他上表自请贬职，被免去侍中，后又请辞江州牧。司马睿又任命王敦为荆州牧。但王敦仍力辞州牧一职，最终被授为荆州刺史。
司马睿能立国于江南，是因得到了南北门阀大族的支持。琅琊王氏在其中更是起到决定性作用，故而在东晋建立后权势极盛。王导内掌朝政，王敦外握兵权，王氏子弟皆位居要职，以致有“王与马，共天下”的说法，但也因此引起了司马睿的忌惮。
而在同时，王敦亦渐见专擅，如私自擢用降将杜弘，自行加任割据险处的何钦为将军等。司马睿更是厌恶。他为了减弱琅琊王氏的影响力，重用丹阳尹刘隗、尚书令刁协等亲信，并逐渐疏远王导。王敦对此也是极为不满。君臣之间逐渐产生嫌隙。
公元320年，梁州刺史周访病逝。湘州刺史甘卓调镇梁州。王敦趁机请求以亲信陈颁接任湘州刺史。湘州所处位置十分紧要，素有牵制荆州的作用，司马睿不愿让湘州被王敦所控制。刘隗也建议司马睿派遣心腹重臣出镇湘州，以防备王敦。司马睿遂以宗室司马承为湘州刺史。
王敦又上表陈说古今忠臣如何被皇帝猜疑、如何被小人离间，想以此感动司马睿。司马睿却对王敦更为忌惮，但在明面上是还是给王敦增加属官、赏赐羽葆鼓吹等仪仗，提高他的待遇。
公元321年，司马睿在刁协的建议下，将扬州诸郡的僮客恢复良民身份，以备征役，随后又以戴渊、刘隗出镇合肥、淮阴。
他还将所征发的兵卒全部分配给戴渊、刘隗，名义上是抵御北方的后赵政权，但其实是在防备王敦。王敦致信刘隗，表示要和他修好，同心戮力共辅王室，却被刘隗所拒绝。他不禁更为恼怒。而就在当年九月，豫州刺史祖逖病逝。王敦最为忌惮的周访和祖逖，至此全都去世。王敦认为再无人可以在军事上威胁自己，因此决意举兵入京，王与马共天下的局面从而被打破。