世家大族势力庞大，自然就会危害皇权，王敦的叛乱就是明证。大将军王敦据武昌发动政变，一路攻破东晋都城，杀害了许多忠诚于皇室的官员和手握军权的将领，不久晋元帝司马睿也郁郁而终。不过彼时人心尚还在晋室，王敦也是以清君侧的名义进京叛乱的，元帝死后，王敦等还是暂时拥立了司马绍为皇帝。
自然，司马绍继位，情况是很危急的，朝中又是形成了权臣架空皇帝的局面，似乎惠帝、怀帝、愍帝的场景又要在东晋重演了，然而明帝却颇有雄武之气，他决定跟权臣王敦斗上一斗。
司马绍智勇双全，谋略过人，这盘生死局他一共下了三步棋。
第一步，稳住王敦。王敦虽然通过军事政变进了京师，但他喜好紧抓兵权不放手。不把心思都放在在朝内挟持天子统领朝政上，却领了个扬州牧，屯兵在京师下游的湖边，这是王敦的一大错误。司马绍利用了这个错误，下手诏征召他，并默许了王敦哥哥王含等任大将军等职位。
等到继位的第二年五月，王敦矫诏在扬州地盘部署军事命令，还把明帝的亲信督公冉曾等杀害了，司马绍敏锐地感觉到王敦叛乱就在眼前了。他走了第二步，以身犯险去刺探军情。
六月一天，司马绍乘着一匹巴滇地区的宝马微服出行，到了王敦屯兵的湖岸，把王敦军营细细看了一遍才出来。当时也有军士发现了这个器宇轩昂的人，当时觉得是贵人不敢多问，但转过头去禀报了王敦。王敦正好在昼寝，做梦梦到被围城了，听到这个消息马上惊醒：“那个人肯定是大黄胡子的鲜卑人来刺探的。”原来司马绍的生母是燕代人，正像鲜卑黄胡子。于是王敦派遣五色宝马去追赶。司马绍也正在奔逃，还特别留心把马粪都用水灌。
到了路口，见到一家饭店的老婆子，扔下自己的马鞭给她，吩咐说道：“后面有追兵来的话，就把这个给他看。”过
了不久果然追兵到了，问这个老婆子。老婆子拿出鞭子，依言回答道：“走了好久了。”五骑们看到这个好玩意争相传看，逗留了很久，又看到一路上的马粪都冷了，心里相信了老婆子的话，就掉头回去了。司马绍的这番操作可谓有胆有识。
最后一步棋，也是最关键的，司马绍尚得大臣的支持，当即分派诸将守卫各地，并亲率将士督战。先发制人，乘大军未渡，奇兵突袭，果然大破叛军，王敦一下气死了，残余势力也就土崩瓦解了。可见司马绍以弱克强，比自己老爹还强，可惜天不假年，没过多久，司马绍就因病去世，年仅二十七岁，若是雄武的司马绍能长寿一些，北伐中原未必不能成功，这也可以说是上天对司马家得国不正的惩罚，让司马家唯一算是有雄才大略的后代英年早逝。